O LabDES estrutura suas atividades científicas a partir de três linhas de pesquisa interconectadas, que buscam compreender criticamente os processos de transformação social, econômica e territorial no Espírito Santo. Essas linhas orientam a produção acadêmica, os projetos de extensão, as consultorias técnicas e os trabalhos desenvolvidos por pesquisadores vinculados ao laboratório.